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No commits in common. "42e24c49d182487440f764cc7a658e9ad2ba0f4e" and "5c802c99af3008b1bf91c25e4608e70470524385" have entirely different histories.
42e24c49d1
...
5c802c99af
108
flake.lock
108
flake.lock
|
|
@ -1,26 +1,5 @@
|
||||||
{
|
{
|
||||||
"nodes": {
|
"nodes": {
|
||||||
"fenix": {
|
|
||||||
"inputs": {
|
|
||||||
"nixpkgs": [
|
|
||||||
"nixpkgs"
|
|
||||||
],
|
|
||||||
"rust-analyzer-src": "rust-analyzer-src"
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"locked": {
|
|
||||||
"lastModified": 1749537578,
|
|
||||||
"narHash": "sha256-dYEEiNRw7rClQi4Y7t9jlHjbuUvSbdTdM/jXwXuaDeQ=",
|
|
||||||
"owner": "nix-community",
|
|
||||||
"repo": "fenix",
|
|
||||||
"rev": "5e3ce25aa3048f14f206a6c4fab46af6ad939482",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"original": {
|
|
||||||
"owner": "nix-community",
|
|
||||||
"repo": "fenix",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
}
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"flake-compat": {
|
"flake-compat": {
|
||||||
"flake": false,
|
"flake": false,
|
||||||
"locked": {
|
"locked": {
|
||||||
|
|
@ -37,24 +16,6 @@
|
||||||
"type": "github"
|
"type": "github"
|
||||||
}
|
}
|
||||||
},
|
},
|
||||||
"flake-utils": {
|
|
||||||
"inputs": {
|
|
||||||
"systems": "systems"
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"locked": {
|
|
||||||
"lastModified": 1681202837,
|
|
||||||
"narHash": "sha256-H+Rh19JDwRtpVPAWp64F+rlEtxUWBAQW28eAi3SRSzg=",
|
|
||||||
"owner": "numtide",
|
|
||||||
"repo": "flake-utils",
|
|
||||||
"rev": "cfacdce06f30d2b68473a46042957675eebb3401",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"original": {
|
|
||||||
"owner": "numtide",
|
|
||||||
"repo": "flake-utils",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
}
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"nix-matlab": {
|
"nix-matlab": {
|
||||||
"inputs": {
|
"inputs": {
|
||||||
"flake-compat": "flake-compat",
|
"flake-compat": "flake-compat",
|
||||||
|
|
@ -124,45 +85,12 @@
|
||||||
"type": "github"
|
"type": "github"
|
||||||
}
|
}
|
||||||
},
|
},
|
||||||
"nixpkgs_2": {
|
|
||||||
"locked": {
|
|
||||||
"lastModified": 1682134069,
|
|
||||||
"narHash": "sha256-TnI/ZXSmRxQDt2sjRYK/8j8iha4B4zP2cnQCZZ3vp7k=",
|
|
||||||
"owner": "NixOS",
|
|
||||||
"repo": "nixpkgs",
|
|
||||||
"rev": "fd901ef4bf93499374c5af385b2943f5801c0833",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"original": {
|
|
||||||
"id": "nixpkgs",
|
|
||||||
"type": "indirect"
|
|
||||||
}
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"root": {
|
"root": {
|
||||||
"inputs": {
|
"inputs": {
|
||||||
"fenix": "fenix",
|
|
||||||
"nix-matlab": "nix-matlab",
|
"nix-matlab": "nix-matlab",
|
||||||
"nixpkgs": "nixpkgs",
|
"nixpkgs": "nixpkgs",
|
||||||
"nixpkgs-unstable": "nixpkgs-unstable",
|
"nixpkgs-unstable": "nixpkgs-unstable",
|
||||||
"sops-nix": "sops-nix",
|
"sops-nix": "sops-nix"
|
||||||
"vscode-server": "vscode-server"
|
|
||||||
}
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"rust-analyzer-src": {
|
|
||||||
"flake": false,
|
|
||||||
"locked": {
|
|
||||||
"lastModified": 1749493129,
|
|
||||||
"narHash": "sha256-nQ+gKRLXkl7gLY836ULyAwR3O0E/+vakZt78OQ+p9Fc=",
|
|
||||||
"owner": "rust-lang",
|
|
||||||
"repo": "rust-analyzer",
|
|
||||||
"rev": "bf6d44581085bb9b6e285902a7fae77325703171",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"original": {
|
|
||||||
"owner": "rust-lang",
|
|
||||||
"ref": "nightly",
|
|
||||||
"repo": "rust-analyzer",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
},
|
},
|
||||||
"sops-nix": {
|
"sops-nix": {
|
||||||
|
|
@ -185,40 +113,6 @@
|
||||||
"repo": "sops-nix",
|
"repo": "sops-nix",
|
||||||
"type": "github"
|
"type": "github"
|
||||||
}
|
}
|
||||||
},
|
|
||||||
"systems": {
|
|
||||||
"locked": {
|
|
||||||
"lastModified": 1681028828,
|
|
||||||
"narHash": "sha256-Vy1rq5AaRuLzOxct8nz4T6wlgyUR7zLU309k9mBC768=",
|
|
||||||
"owner": "nix-systems",
|
|
||||||
"repo": "default",
|
|
||||||
"rev": "da67096a3b9bf56a91d16901293e51ba5b49a27e",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"original": {
|
|
||||||
"owner": "nix-systems",
|
|
||||||
"repo": "default",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
}
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"vscode-server": {
|
|
||||||
"inputs": {
|
|
||||||
"flake-utils": "flake-utils",
|
|
||||||
"nixpkgs": "nixpkgs_2"
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"locked": {
|
|
||||||
"lastModified": 1753541826,
|
|
||||||
"narHash": "sha256-foGgZu8+bCNIGeuDqQ84jNbmKZpd+JvnrL2WlyU4tuU=",
|
|
||||||
"owner": "nix-community",
|
|
||||||
"repo": "nixos-vscode-server",
|
|
||||||
"rev": "6d5f074e4811d143d44169ba4af09b20ddb6937d",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
},
|
|
||||||
"original": {
|
|
||||||
"owner": "nix-community",
|
|
||||||
"repo": "nixos-vscode-server",
|
|
||||||
"type": "github"
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
},
|
},
|
||||||
"root": "root",
|
"root": "root",
|
||||||
|
|
|
||||||
12
flake.nix
12
flake.nix
|
|
@ -16,15 +16,8 @@
|
||||||
# Follow the system nixpkgs
|
# Follow the system nixpkgs
|
||||||
inputs.nixpkgs.follows = "nixpkgs";
|
inputs.nixpkgs.follows = "nixpkgs";
|
||||||
};
|
};
|
||||||
fenix = {
|
|
||||||
url = "github:nix-community/fenix";
|
|
||||||
inputs.nixpkgs.follows = "nixpkgs";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
vscode-server = {
|
|
||||||
url = "github:nix-community/nixos-vscode-server";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
};
|
||||||
outputs = { self, nixpkgs, nixpkgs-unstable, sops-nix, nix-matlab, vscode-server, ... }@attrs: let
|
outputs = { self, nixpkgs, nixpkgs-unstable, sops-nix, nix-matlab }@attrs: let
|
||||||
system = "x86_64-linux";
|
system = "x86_64-linux";
|
||||||
unfree-overlay = final: prev: {
|
unfree-overlay = final: prev: {
|
||||||
unfree = import nixpkgs {
|
unfree = import nixpkgs {
|
||||||
|
|
@ -42,7 +35,7 @@
|
||||||
config.cudaSupport = true;
|
config.cudaSupport = true;
|
||||||
};
|
};
|
||||||
};
|
};
|
||||||
python-overlay = import ./overlays/python.nix attrs;
|
python-overlay = import ./overlays/python.nix;
|
||||||
applyOverlays = overlays: ({...}:{ nixpkgs.overlays = overlays; });
|
applyOverlays = overlays: ({...}:{ nixpkgs.overlays = overlays; });
|
||||||
flakes = {...}: {nix.settings.experimental-features = [ "nix-command" "flakes" ];};
|
flakes = {...}: {nix.settings.experimental-features = [ "nix-command" "flakes" ];};
|
||||||
in {
|
in {
|
||||||
|
|
@ -52,7 +45,6 @@
|
||||||
modules = [
|
modules = [
|
||||||
flakes
|
flakes
|
||||||
(applyOverlays [ unfree-overlay unstable-overlay python-overlay ])
|
(applyOverlays [ unfree-overlay unstable-overlay python-overlay ])
|
||||||
vscode-server.nixosModules.default
|
|
||||||
./machines/kcnhub/configuration.nix
|
./machines/kcnhub/configuration.nix
|
||||||
sops-nix.nixosModules.sops
|
sops-nix.nixosModules.sops
|
||||||
];
|
];
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,7 +1,5 @@
|
||||||
{ pkgs, ...}: {
|
{ pkgs, ...}: {
|
||||||
environment.systemPackages = with pkgs; [
|
environment.systemPackages = with pkgs; [
|
||||||
embree
|
embree
|
||||||
ranger
|
|
||||||
blender
|
|
||||||
];
|
];
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -45,8 +45,6 @@
|
||||||
spynnaker
|
spynnaker
|
||||||
# fetching neuromorphic data:
|
# fetching neuromorphic data:
|
||||||
tonic
|
tonic
|
||||||
# Stochastic simulation
|
|
||||||
# smoldyn-py
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
# Librairies to deal with mesh
|
# Librairies to deal with mesh
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -11,6 +11,5 @@
|
||||||
vim
|
vim
|
||||||
tmux
|
tmux
|
||||||
screen
|
screen
|
||||||
unstable.waypipe
|
|
||||||
];
|
];
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -3,5 +3,4 @@
|
||||||
./services/ssh.nix
|
./services/ssh.nix
|
||||||
./services/xrdp.nix
|
./services/xrdp.nix
|
||||||
];
|
];
|
||||||
services.vscode-server.enable = true;
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -21,10 +21,7 @@
|
||||||
./users/iffat.nix
|
./users/iffat.nix
|
||||||
./users/jkaethee.nix
|
./users/jkaethee.nix
|
||||||
./users/afauroux.nix
|
./users/afauroux.nix
|
||||||
./users/umar.nix
|
|
||||||
./users/arthur.nix
|
|
||||||
./users/raiyan.nix
|
|
||||||
|
|
||||||
# Groups
|
# Groups
|
||||||
./users/groups/admin.nix
|
./users/groups/admin.nix
|
||||||
./users/groups/nfrf.nix
|
./users/groups/nfrf.nix
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,11 +0,0 @@
|
||||||
{ pkgs, ... }: {
|
|
||||||
users.users.arthur = {
|
|
||||||
isNormalUser = true;
|
|
||||||
extraGroups = [ ];
|
|
||||||
homeSize = "50g";
|
|
||||||
homeProjectId = 123;
|
|
||||||
packages = with pkgs; [
|
|
||||||
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@
|
||||||
homeSize = "50g";
|
homeSize = "50g";
|
||||||
homeProjectId = 100;
|
homeProjectId = 100;
|
||||||
packages = with pkgs; [
|
packages = with pkgs; [
|
||||||
unstable.emacs
|
emacs
|
||||||
];
|
];
|
||||||
};
|
};
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,9 +0,0 @@
|
||||||
{ ... }: {
|
|
||||||
users.groups."ngilab_shared" = {
|
|
||||||
members = [
|
|
||||||
"afauroux"
|
|
||||||
"ngilab"
|
|
||||||
"zhenyangsun"
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
@ -1,11 +0,0 @@
|
||||||
{ pkgs, ... }: {
|
|
||||||
users.users.raiyan = {
|
|
||||||
isNormalUser = true;
|
|
||||||
extraGroups = [ ];
|
|
||||||
homeSize = "50g";
|
|
||||||
homeProjectId = 124;
|
|
||||||
packages = with pkgs; [
|
|
||||||
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
@ -1,11 +0,0 @@
|
||||||
{ pkgs, ... }: {
|
|
||||||
users.users.umar = {
|
|
||||||
isNormalUser = true;
|
|
||||||
extraGroups = [ ];
|
|
||||||
homeSize = "50g";
|
|
||||||
homeProjectId = 122;
|
|
||||||
packages = with pkgs; [
|
|
||||||
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
@ -1,56 +0,0 @@
|
||||||
{
|
|
||||||
lib,
|
|
||||||
stdenv,
|
|
||||||
fetchFromGitHub,
|
|
||||||
cmake,
|
|
||||||
pkg-config,
|
|
||||||
bzip2,
|
|
||||||
libxml2,
|
|
||||||
swig,
|
|
||||||
python ? null,
|
|
||||||
withPython ? false,
|
|
||||||
}:
|
|
||||||
stdenv.mkDerivation (attrs: {
|
|
||||||
pname = "libsbml";
|
|
||||||
version = "5.20.4";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "sbmlteam";
|
|
||||||
repo = "libsbml";
|
|
||||||
rev = "v${attrs.version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-qWTN033YU4iWzt+mXQaP5W/6IF5nebF4PwNVkyL8wTg=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = [
|
|
||||||
cmake
|
|
||||||
pkg-config
|
|
||||||
swig
|
|
||||||
] ++ lib.optional withPython python.pkgs.pythonImportsCheckHook;
|
|
||||||
|
|
||||||
buildInputs = [
|
|
||||||
bzip2.dev
|
|
||||||
libxml2
|
|
||||||
] ++ lib.optional withPython python;
|
|
||||||
|
|
||||||
# libSBML doesn't always make use of pkg-config
|
|
||||||
cmakeFlags = [
|
|
||||||
"-DLIBXML_INCLUDE_DIR=${lib.getDev libxml2}/include/libxml2"
|
|
||||||
"-DLIBXML_LIBRARY=${lib.getLib libxml2}/lib/libxml2${stdenv.hostPlatform.extensions.sharedLibrary}"
|
|
||||||
"-DPKG_CONFIG_EXECUTABLE=${lib.getBin pkg-config}/bin/pkg-config"
|
|
||||||
"-DSWIG_EXECUTABLE=${lib.getBin swig}/bin/swig"
|
|
||||||
] ++ lib.optional withPython "-DWITH_PYTHON=ON";
|
|
||||||
|
|
||||||
postInstall = lib.optional withPython ''
|
|
||||||
mv $out/${python.sitePackages}/libsbml/libsbml.py $out/${python.sitePackages}/libsbml/__init__.py
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
|
|
||||||
pythonImportsCheck = [ "libsbml" ];
|
|
||||||
|
|
||||||
meta = with lib; {
|
|
||||||
description = "Library for manipulating Systems Biology Markup Language (SBML)";
|
|
||||||
homepage = "https://github.com/sbmlteam/libsbml";
|
|
||||||
license = licenses.lgpl21Only;
|
|
||||||
maintainers = [ maintainers.kupac ];
|
|
||||||
platforms = platforms.all;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
})
|
|
||||||
|
|
@ -126,4 +126,4 @@ final: final-py: prev-py: {
|
||||||
pytorch-data
|
pytorch-data
|
||||||
];
|
];
|
||||||
};
|
};
|
||||||
} // (import ./spynnaker.nix final final-py prev-py) #// (import ./smoldyn.nix final final-py prev-py)
|
} // (import ./spynnaker.nix final final-py prev-py)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,8 +1,5 @@
|
||||||
inputs: final: prev:
|
final: prev: {
|
||||||
(inputs.fenix.overlays.default final prev) // {
|
|
||||||
pythonPackagesExtensions = prev.pythonPackagesExtensions ++ [(
|
pythonPackagesExtensions = prev.pythonPackagesExtensions ++ [(
|
||||||
(import ./python-packages.nix final)
|
(import ./python-packages.nix final)
|
||||||
)];
|
)];
|
||||||
|
|
||||||
libsbml = final.callPackage ./libsbml.nix { };
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,362 +0,0 @@
|
||||||
final: final-py: prev-py: let
|
|
||||||
rust-new = p: p.fenix.stable;
|
|
||||||
rustPlatform = final.makeRustPlatform {
|
|
||||||
inherit (rust-new final) cargo rustc;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
py = final-py;
|
|
||||||
|
|
||||||
pyenv-smoldyn = py.python.withPackages (p: with p; [
|
|
||||||
setuptools
|
|
||||||
wheel
|
|
||||||
pybind11
|
|
||||||
pip
|
|
||||||
]);
|
|
||||||
|
|
||||||
smoldyn = final.fastStdenv.mkDerivation rec {
|
|
||||||
pname = "smoldyn";
|
|
||||||
version = "2.74";
|
|
||||||
|
|
||||||
outputs = [ "out" "py" ];
|
|
||||||
|
|
||||||
env.NIX_CFLAGS_COMPILE = "-march=native -mtune=native";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchzip {
|
|
||||||
url = "https://www.smoldyn.org/smoldyn-${version}.zip";
|
|
||||||
hash = "sha256-cKUMGgnPrHf2dNyFHmjpERgIMU0OltUZ/uhBfxpU4e4=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with final; [
|
|
||||||
cmake
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
cmakeFlags = [
|
|
||||||
"-DSMOLDYN_VERSION=${version}"
|
|
||||||
"-DOPTION_ZLIB=ON"
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
buildInputs = with final; [
|
|
||||||
libGL
|
|
||||||
libGLU
|
|
||||||
freeglut
|
|
||||||
libtiff
|
|
||||||
zlib
|
|
||||||
pyenv-smoldyn
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
postInstall = ''
|
|
||||||
cp -r py $py
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
};
|
|
||||||
in {
|
|
||||||
libsbml = final.libsbml.override {
|
|
||||||
python=py.python;
|
|
||||||
withPython=true;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
libcombine = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "libcombine";
|
|
||||||
version = "0.2.20";
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "sbmlteam";
|
|
||||||
repo = "libcombine";
|
|
||||||
rev = "v${version}";
|
|
||||||
fetchSubmodules = true;
|
|
||||||
hash = "sha256-9MMQr0hQLo1l8B4nlzkk48zohCohdheojRTjKrCE6og=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
preBuild = ''
|
|
||||||
cd ..
|
|
||||||
cp src/bindings/python/setup.py .
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with final; [
|
|
||||||
swig cmake
|
|
||||||
];
|
|
||||||
buildInputs = with py; [
|
|
||||||
libsbml
|
|
||||||
final.zlib
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
libsedml = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "libsedml";
|
|
||||||
version = "2.0.28";
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "fbergmann";
|
|
||||||
repo = "libSEDML";
|
|
||||||
rev = "v${version}";
|
|
||||||
fetchSubmodules = true;
|
|
||||||
hash = "sha256-Pxts0kKj3BlfrwhXJjNvL936aSXiTb1cnccsW2lbUaM=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
preBuild = ''
|
|
||||||
cp src/bindings/python/setup.py .
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
buildInputs = [
|
|
||||||
final.cmake
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
pyomexmeta = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "pyomexmeta";
|
|
||||||
version = "1.2.14";
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "sys-bio";
|
|
||||||
repo = "libOmexMeta";
|
|
||||||
rev = "v${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-OMCq8uR3kC5cZpFyy28A02OSiVO4b49lFyWmbCeaw6c=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
};
|
|
||||||
# https://github.com/simularium/simulariumio/blob/main/pyproject.toml
|
|
||||||
simulariumio = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "simulariumio";
|
|
||||||
version = "1.12.0";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "simularium";
|
|
||||||
repo = "simulariumio";
|
|
||||||
rev = "v${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-Jl7KXEXeheYJRpgVcHyK6YUzyQMafQnABlrZM9d7c9g=";
|
|
||||||
leaveDotGit = true;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
format = "pyproject";
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
setuptools
|
|
||||||
setuptools_scm
|
|
||||||
wheel
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
SETUPTOOLS_SCM_PRETEND_VERSION=version;
|
|
||||||
|
|
||||||
propagatedBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
numpy
|
|
||||||
pandas
|
|
||||||
pint
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
# https://github.com/biosimulators/Biosimulators_simularium
|
|
||||||
biosimulator_simularium = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "biosimulator";
|
|
||||||
version = "0.6.3";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "biosimulators";
|
|
||||||
repo = "biosimulators_simularium";
|
|
||||||
rev = "v${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-t0YM5Ika6Glvw3wvV71w7IHo6AovXz+7012rueEkoFw=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
format = "pyproject";
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
poetry-core
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
biosimulator_util = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "biosimulator";
|
|
||||||
version = "0.2.3";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "biosimulators";
|
|
||||||
repo = "biosimulators_utils";
|
|
||||||
rev = "${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-/4HxruGpyJ6Guk4or/i+XI1JnHh2y7tWmw0AgdP5bkU=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
pip
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
propagatedBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
capturer
|
|
||||||
pkg_utils
|
|
||||||
jsonschema
|
|
||||||
flaky
|
|
||||||
bezier
|
|
||||||
rdflib
|
|
||||||
kisao
|
|
||||||
appdirs
|
|
||||||
matplotlib
|
|
||||||
docker
|
|
||||||
cement
|
|
||||||
regex
|
|
||||||
biopython
|
|
||||||
lxml
|
|
||||||
natsort
|
|
||||||
simplejson
|
|
||||||
libcombine
|
|
||||||
libsedml
|
|
||||||
pyomexmeta
|
|
||||||
pyyaml
|
|
||||||
evalidate
|
|
||||||
];
|
|
||||||
doCheck = false;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
# https://github.com/yaroslaff/evalidate
|
|
||||||
evalidate = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "evalidate";
|
|
||||||
version = "2.0.3";
|
|
||||||
|
|
||||||
format = "pyproject";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "yaroslaff";
|
|
||||||
repo = "evalidate";
|
|
||||||
rev = "v${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-0SdGjsddX/iYeXpB9AdD7hnBH8raGHvSZ7D30a3sRXE=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
hatchling
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
propagatedBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
uritools
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
pkg_utils = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "pkg_utils";
|
|
||||||
version = "0.0.5";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "KarrLab";
|
|
||||||
repo = "pkg_utils";
|
|
||||||
rev = "${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-u6t4z1MoEkgoPkZtJuTYUbL5HyrkYthSPu9bhm8IZwo=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
pip
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
propagatedBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
glob2
|
|
||||||
requirements-parser
|
|
||||||
configparser
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
pronto = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "pronto";
|
|
||||||
version = "2.7.0";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "althonos";
|
|
||||||
repo = "pronto";
|
|
||||||
rev = "v${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-e+Nf+0kOH8d8KU2U9imxfeP1AjY2g/oZwZmQG394cts=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
setuptools
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
buildInputs = with py; [
|
|
||||||
python-dateutil
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
format = "pyproject";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
kisao = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "kisao";
|
|
||||||
version = "2.34";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "SED-ML";
|
|
||||||
repo = "Kisao";
|
|
||||||
rev = "${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-ozL1G9ylRhQL+lUCLwb2LSjooF5P8AgiWRMOWrBrDl8=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
prePatch = ''
|
|
||||||
cd libkisao/python
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
pip
|
|
||||||
];
|
|
||||||
|
|
||||||
propagatedBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
pkg_utils
|
|
||||||
termcolor
|
|
||||||
pronto
|
|
||||||
python-dateutil
|
|
||||||
networkx
|
|
||||||
fastobo
|
|
||||||
chardet
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
fastobo = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "fastobo";
|
|
||||||
version = "0.13.0";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "fastobo";
|
|
||||||
repo = "fastobo-py";
|
|
||||||
rev = "v${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-8v9KjYX6Fy/ALFlYfSXpW40p0z54F5tpr10TAWenizk=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
cargoDeps = rustPlatform.fetchCargoTarball {
|
|
||||||
inherit src;
|
|
||||||
name = "${pname}-${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-USh7WK18I8A4VdGsUAnbrSiJuBYyq4539MlyS5ANSGo=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
format = "pyproject";
|
|
||||||
|
|
||||||
nativeBuildInputs = [
|
|
||||||
rustPlatform.cargoSetupHook
|
|
||||||
(rustPlatform.maturinBuildHook.override {
|
|
||||||
pkgsHostTarget = {
|
|
||||||
inherit (rust-new final.pkgsHostTarget) cargo rustc;
|
|
||||||
inherit (final.pkgsHostTarget) maturin;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
})
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
bezier = py.buildPythonPackage rec {
|
|
||||||
pname = "bezier";
|
|
||||||
version = "2020.2.3";
|
|
||||||
|
|
||||||
src = final.fetchFromGitHub {
|
|
||||||
owner = "dhermes";
|
|
||||||
repo = "bezier";
|
|
||||||
rev = "${version}";
|
|
||||||
hash = "sha256-yuq2+Yy9XO2KwLlsB0IxjseG/axNBa5KuxBZ2J22ruE=";
|
|
||||||
};
|
|
||||||
BEZIER_NO_EXTENSION="1";
|
|
||||||
nativeBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
pip
|
|
||||||
];
|
|
||||||
buildInputs = with py; [
|
|
||||||
pytest
|
|
||||||
matplotlib
|
|
||||||
seaborn
|
|
||||||
scipy
|
|
||||||
];
|
|
||||||
propagatedBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
numpy
|
|
||||||
sympy
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
smoldyn-py = py.buildPythonPackage {
|
|
||||||
pname = "smoldyn";
|
|
||||||
version = smoldyn.version;
|
|
||||||
|
|
||||||
src = smoldyn.py;
|
|
||||||
|
|
||||||
postPatch = ''
|
|
||||||
sed -e '37,38d' -i setup.py
|
|
||||||
'';
|
|
||||||
|
|
||||||
propagatedBuildInputs = with py; [
|
|
||||||
biosimulator_util
|
|
||||||
biosimulator_simularium
|
|
||||||
simulariumio
|
|
||||||
numpy
|
|
||||||
pandas
|
|
||||||
h5py
|
|
||||||
openpyxl
|
|
||||||
pyvista
|
|
||||||
];
|
|
||||||
};
|
|
||||||
}
|
|
||||||
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